Versucht, Gromacs 5 . zu installieren.1.1 über Homebrew, alle Befehle werden nicht gefunden

1. Wie installiere ich die neueste Version von Gromacs?
2. Wie kann ich Gromacs herunterladen und installieren??
3. Wie installiere ich Gromacs unter Windows 10??
4. Wie führe ich Gromacs unter Linux aus??
5. Was ist die neueste Version von Gromacs?
6. Wie überprüfe ich die Gromacs-Version??
7. Wie installiere ich Gromacs?
8. Wie lade ich Cmake herunter und installiere es??
9. Wie installiere ich Gromacs mit GPU-Unterstützung?
10. Wie lade ich Gromacs unter Linux herunter??
11. Wie verwenden Sie Gromacs?
12. So deinstallieren Sie Gromacs Linux?

Wie installiere ich die neueste Version von Gromacs?

Alternativ können Sie die GROMACS Regression Test Suite herunterladen und entpacken https://ftp.Gromacs.org/regressionstests/regressionstests-2021.2.Teer.gz-Tarball selbst und verwenden Sie die erweiterte cmake-Option REGRESSIONTEST_PATH, um den Pfad zum entpackten Tarball anzugeben, der dann zum Testen verwendet wird.

Wie kann ich Gromacs herunterladen und installieren??

Alternativ können Sie die GROMACS-Regressionstestsuite http://gerrit . herunterladen und entpacken.Gromacs.org/download/regressionstests-2020.Teer.gz-Tarball selbst und verwenden Sie die erweiterte cmake-Option REGRESSIONTEST_PATH, um den Pfad zum entpackten Tarball anzugeben, der dann zum Testen verwendet wird.

Wie installiere ich Gromacs unter Windows 10??

Verfahren

1. Laden Sie den GROMACS-Quellcode herunter und entpacken Sie ihn irgendwo.
2. CMake GUI ausführen.
3. Stellen Sie das Quellcodeverzeichnis in "Wo ist der Quellcode" ein ...
4. Legen Sie einen anderen Speicherort für das erstellte GROMACS in "Wo sollen die Binärdateien erstellt werden" fest ...
5. Klicken Sie auf Konfigurieren. ...
6. Configure wird angehalten, weil es FFTW nicht finden kann.

Wie führe ich Gromacs unter Linux aus??

Eingabedatei ausführen (.

Der nächste Schritt besteht darin, die Molekülstruktur (gro-Datei), die Topologie (top-Datei), die MD-Parameter (mdp-Datei) und (optional) die Indexdatei (ndx) zu kombinieren, um eine Laufeingabedatei (tpr-Erweiterung) zu generieren. Diese Datei enthält alle notwendigen Informationen, um eine Simulation mit GROMACS zu starten.

Was ist die neueste Version von Gromacs?

GROMACS

Wie überprüfe ich die Gromacs-Version??

Geben Sie einfach "pdb2gmx" in das Terminal ein und Sie erhalten alle erforderlichen Informationen.

Wie installiere ich Gromacs?

Alternativ können Sie die GROMACS-Regressionstestsuite http://gerrit . herunterladen und entpacken.Gromacs.org/download/regressionstests-5.1.4.Teer.gz-Tarball selbst und verwenden Sie die erweiterte cmake-Option REGRESSIONTEST_PATH, um den Pfad zum entpackten Tarball anzugeben, der dann zum Testen verwendet wird.

Wie lade ich Cmake herunter und installiere es??

II- CMake installieren

Laden Sie das Windows (WIN32-Installationsprogramm) herunter. Sie erhalten eine Datei namens cmake-version-win32-x86.exe. Führen Sie es aus und folgen Sie dem Installationsprozess. Stellen Sie sicher, dass Sie die Option CMake zum Systempfad hinzufügen auswählen.

Wie installiere ich Gromacs mit GPU-Unterstützung?

CUDA-Toolkit herunterladen

Wählen Sie nun hier die neueste Version des CUDA-Toolkits entsprechend Ihrem System aus. Laden Sie die lokale Ausführungsdatei mit dem folgenden Befehl herunter. Die Run-Datei enthält alle wesentlichen zu installierenden Komponenten. Wechseln Sie in das Verzeichnis, in das Sie das Installationsprogramm herunterladen möchten.

Wie lade ich Gromacs unter Linux herunter??

1. Einstieg. Wenn Sie Ubuntu frisch installiert haben, vergessen Sie nicht, Ihre Repository-Informationen und Softwarepakete in Ihrem System zu aktualisieren. ...
2. Installation. Der erste Schritt bei der Installation von Gromacs besteht darin, cmake herunterzuladen. Geben Sie im Terminal Folgendes ein: sudo apt-get install cmake. ...
3. Einfache Methode. ...
4. Regelmäßige Installation.

Wie verwenden Sie Gromacs?

Das GROMACS-Tool für die Ersteinrichtung verwendet die PDB-Eingabe, um drei Dateien zu erstellen, die für die MD-Simulation erforderlich sind.
...
Einrichten

1. Erstellen Sie eine 'Topologie'-Datei.
2. Konvertieren einer PDB-Proteinstruktur in eine GRO-Datei, wobei die Struktur in einer Simulationsbox (Elementarzelle) zentriert ist
3. eine Positionsbeschränkungsdatei erstellen.

So deinstallieren Sie Gromacs Linux?

Um dieses Paket zu deinstallieren, können Sie einfach den Befehl apt verwenden und das Paket vom Linux-Betriebssystem entfernen. Dadurch werden Gromacs und alle davon abhängigen Pakete entfernt, die im System nicht mehr benötigt werden. Der obige Befehl entfernt alle Konfigurationsdateien und Daten, die mit dem Gromacs-Paket verbunden sind.